多囊腎的疼痛可以積極的對癥處理,包括口服相關的止疼類藥物處理,止疼類的藥物有洛索洛芬、氨酚羥考酮這些類的藥物進行止疼處理。還有其他的手術方法包括囊腫去頂減壓術,這個手術可以減輕囊腫對腎實質的壓迫,保護大多數腎盂、腎單位免遭受擠壓和進一步的損傷,使腎缺血的狀態有所改善,腎功能的單位得到恢復,延緩了疾病的發展。手術成功的關鍵是盡可能早實行手術,囊腫減壓必須徹底,不放棄小囊腫和深層囊腫的減壓,雙側均應手術。一般雙側手術的間隔時間為半年以上。
晚期的病例如果已有腎功能損傷處于尿毒癥期,不論是否合并有高血壓,減壓治療已無意義,手術反而會加重病情。因此進入了終末期腎衰竭的時候應立即給與透析治療,首選的是血液透析。多囊腎腎移植生存率與其它原因與術者想法,這個也就是說跟術者是有一定的關系的。但是因為同時伴發的疾病增加了術后處理的難度影響移植的效果,所以目前對于多囊腎來講還是以血液透析為主。